جهت رشته کوه های هزار مسجد ، از شمال غربى به جنوب شرقى و ادامه ارتفاعات کپه‌داغ و بالخان است که در ترکمنستان قرار دارند.بخشى از کوه‌هاى هزارمسجد را « کپه‌داغ » مى‌نامند. در امتداد جاده درگز – قوچان، این رشته به نام اللّه‌اکبر خوانده مى‌شود که ارتفاع قله اصلى آن ۲۴۰۰ متر است. این کوه، ناحیه قوچان را از درگز جدا مىکند. این کوهستان که عبور از آن دشوار است، به مدت زیادى مانعى عمده براى ارتباط بین دو ناحیه قوچان و درگز بوده است.
در شرق اللّه‌اکبر، کوه کاماس و کوه خارپشته قرار گرفته‌اند که ارتفاع آن‌ها به ۲۴۱۰ متر مى‌رسد و هنوز هم انبوه‌ترین جنگل‌هاى اُرُس کوه‌هاى هزارمسجد در آن‌ها دیده مى‌شود. کوه عمارت، در جنوب شرقى اللّه‌اکبر و در شرق شهر قوچان قرار گرفته است، و رودخانه اترک از آن سرچشمه مى‌گیرد که با بسترى به طول ۶۰۰ کیلومتر طویل‌‌ترین رود این ناحیه از استان خراسان است.
قله مرتفع این رشته‌کوه، یعنى قله هزارمسجد با ۳۰۰۰ متر ارتفاع، در شمال غربى شهر مشهد قرار گرفته است.
بر دامنه‌هاى شمالى این قسمت (به فاصله ۱۸۰ کیلومتر خط مستقیم از شمال مشهد) منطقه کلات نادرى قرار گرفته که در کوهپایه‌اى وسیع بین این کوهستان و دشت قره‌قوم ترکمنستان گسترده شده است.
از شمال شرقى شهر مشهد و یا از دره خور، هرچه که به طرف شرق پیش برویم، از ارتفاع و طول این کوه‌ها کاسته مى‌گردد. امتداد رشتهکوههاى هزارمسجد در این جا، نام‌هاى قره‌داغ و کوه مزدوران به خود مى‌گیرد. ارتفاع این کوه‌ها در قره‌داغ از ۱۶۵۰ متر، و کوه مزدوران از ۱۲۰۰ متر تجاوز نمى‌کند. ولى منطقه پساکوه و دشت سرخس را از کشف‌رود جدا مى‌سازد.
امتداد هزارمسجد در جنوب منطقه سرخس، به معنى اخص کلمه، از تپه‌هایى تشکیل شده است که ارتفاع آن‌ها از ۸۰۰ متر تجاوز نمى‌کند. رودخانه هریررود که در این جا تجن نام دارد و مرز ایران و ترکمنستان را تشکیل مى‌دهد، شکافى را در این تپه‌ها باز مىکند که جهت جنوبى – شمالى دارد و ارتفاع آن حدود ۲۵۰ متر است.
مى‌‌توان گفت که کوه‌هاى هزارمسجد و کپه‌داغ میان رشتهکوههاى بالخان ترکمنستان در غرب، و ارتفاعات شمال افغانستان در سمت شرق، قرار گرفته است.
